网站结构的第二意义指的是链接结构，或称为逻辑结构，也就是网站内部链接形成的链接的网络图。比较合理的链接结构通常是树形结构。
当然，对于搜索引擎来说更重要的是链接结构，而不是物理结构。不少人有误解，认为物理结构比较深的页面不容易被搜索引擎收录，比如说：
https://www.setujun.com/cat1/cat1-1-1/pageA.html
如果这个页面在网站首页上有一个链接，对搜索引擎来说它就是一个仅次于首页的链接结构意义上的二级页面。收录容易与否在于页面处于链接结构的什么位置，离首页有几次点击距离，而不是它的目录层次。
